Pokyny pro odběr BM na vyšetření metodikou PCR

 

 

Polymerázová řetězová reakce (PCR, z anglického Polymerase Chain Reaction) je molekulárně-biologická metoda vyvinutá v roce 1983. Stala se nedílnou součástí klinické mikrobiální diagnostiky.

V naší laboratoři využíváme novější variantu PCR, tzv. real-time PCR.


Obecné zásady pro odběr vzorků 

 

·        Správný odběr musí být proveden asepticky (za sterilních podmínek) z důvodu možnosti kontaminace biologického materiálu

·        Odebírejte takové vzorky, v nichž se patogen v předpokládané fázi onemocnění může vyskytovat! 

 

·        Používejte výhradně beztalkové rukavice! Talek inhibuje PCR reakci. 

 

·        Používejte odběrové soupravy E-Swab, možné objednat na OKBD

 

·        Gynekologické vzorky by neměly obsahovat příměs krve a hlenu! Krev i hlen inhibují PCR reakci.

 

·        Vyšetření Clostridium difficile produkující toxin a GIT panel (PCR – Multiplex) provádíme ze stolice.

 

·        Všechny typy vzorků transportujte co nejdříve do laboratoře, již odebraný materiál je vhodné uchovávat v lednici (2 – 8 °C)

 

 

Nabízená vyšetření metodikou PCR:

 

 

Ø  Pneumonia panel – určuje semikvantitativní hodnocení patogena

Ø  Respirační panel

Ø  ME panel (meningitidis/encephalitis)

Ø  Gastrointestinal panel

Ø  BCID (pozitivní hemokultury)

 

Doba vyšetření: dle dohody s ošetřujícím lékařem

 

Odběr vzorků na jednotlivá vyšetření:  

 

Clostridium difficile produkující toxin

             zpracování z primárního vzorku stolice

 

Odběr:  průjmovitá stolice v množství cca 2 ml

Adjustace: odběrový kontejner na stolici

Uchovávání: při laboratorní teplotě, více jak 2 hod  při teplotě 2 – 8 ºC

Transport: neprodleně 

 

 

Influenza A, B a RSV

 

Odběr: nejvhodnější je odběr z nosohltanu, popř. nosu, krku

Adjustace: speciální odběrová souprava E-Swab kat.č. 1622 – (modrý)

Uchovávání: při laboratorní teplotě

Transport: neprodleně, nejdéle do 24 hod

 

 

Chlamydia trachomatis / Neisseria gonorrhoeae

stanovení obou patogenů z jednoho vzorku (výtěr z uretry, pochvy, cervixu, oka a moč)  

Odběr: Stěr z uretry (ženy, muži), endocervikální stěr (ženy), stěr ze spojivkového vaku, moč 

Adjustace: speciální odběrová souprava E Swab (kat. č. 1623 – oranžový), sterilní odběrová zkumavka na moč

Uchovávání: při laboratorní teplotě

Transport: neprodleně, nejdéle do 24 hod

Postup při endocervikálním výtěru:

•           chlamydie jsou intracelulárně přežívající bakterie, takže jejich průkaz je obtížný, antigeny se uvolní rozrušením slizničních buněk, vzorek BM se získává razantním odběrem

•           odběr provádíme za pomoci gynekologických zrcadel. Běžným sterilním tamponem, který se následně vyhodí, odstraníme hlen z povrchu děložního čípku

•           tampon vyjmeme z transportní zkumavky E-Swab, zavedeme jej do endocervixu a 10-30 sekund s ním otáčíme

•           tampon vyjmeme bez dotyku povrchu vaginy a zasuneme zpět do transportní zkumavky. Odešleme do laboratoře.

Postup při odběru moči:

•           nejlépe je odebrat ranní moč nebo by pacient neměl močit alespoň 1 hodinu před odběrem. Z prvního proudu moči se odebere 20-30 ml do sterilní zkumavky

 

 

HPV

Odběr: endocervikální stěr (ženy), stěr z uretry (muži)

Adjustace: speciální odběrová souprava ESwab (kat.č. 1623 – oranžový)

Uchovávání: při laboratorní teplotě

Transport: neprodleně, nejdéle do 24 hod

 

 

 

Mycobacterium tuberculosis komplex

 

Pro detekci se odebírají většinou vzorky z respiračního traktu -  nejčastěji vzorky sputa, bronchoalveolárních laváží (BAL), bronchiálních a tracheálních aspirátů, eventuelně biopsií plic (cca 1g), dále moče (střední proud, ranní moč), kožních ulcerací, hnisu, obsahu abscesů nebo synoviální tekutiny.

Odběr: dle typu materiálu – viz.  LP C-01 Základní informace k odběrům BM

Adjustace: dle typu materiálu – nejčastěji sterilní zkumavka (tzv. sputovka široká)

Uchovávání: při pokojové teplotě, déle jak 6 hod v 2 – 8 ºC

Transport: neprodleně, nejdéle do 24 hod

 

 

Upozornění: Tyto rychlé genetické metody se nesmějí provádět izolovaně, každý materiál se musí souběžně kultivovat na pevných a tekutých půdách. Průkaz antigenu mykobakterií v BM ještě nezakládá diagnózu TBC či mykobakteriózy.

 

Proto doporučujeme odebrat materiál stejně jako na kultivaci a na žádanku připsat požadavek  na PCR vyšetření.

 

 

SARS – CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome Coronavirus)

 

Odběr: z nosohltanu, stěr krk, nos

Adjustace: aktuálně schválená speciální odběrová souprava , Eswab kat.č. 1622 – (modrý)

Uchovávání: při laboratorní teplotě

Transport: neprodleně, nejdéle do 24 hod

 

 

Pneumonia panel (PCR multiplex)

 

Odběr: sputum, bronchoalveolární laváž (BAL), aspirát

Adjustace: sterilní zkumavka, sterilní sputovka

Uchovávání: při laboratorní teplotě

Transport: neprodleně, v chladu nejdéle do 24 hod

 

Z jednoho vzorku je detekováno:

 

Bakterie - semikvantitativně

ü  Acinetobacter calcoaceticus-baumanii complex

ü  Seratia marcescens

ü  Proteus spp.

ü  Klebsiella aerogenes

ü  Klebsiella pneumoniae group

ü  Klebsiella oxytoca

ü  Enterobacter aerogenes

ü  Enterobacter cloacae

ü  Escherichia coli

ü  Haemophilus influenzeae

ü  Moraxella catarrhalis

ü  Pseudomonas aeruginosa

ü  Staphylococcus aureus

ü  Streptococcus pneumoniae

ü  Streptococcus pyogenes

ü  Streptococcus agalactiae

 

Atypické bakterie - kvalitativně

ü  Legionella pneumophila

ü  Mycoplazma pneumoniae

ü  Chlamydia pneumoniae

 

Viry

ü  Influenza A

ü  Influenza B

ü  Respiratory syncytial virus (RSV)

ü  Human rhinovirus/enterovirus

ü  Human metapneumovirus

ü  Parainfluenza virus

ü  Adenovirus

ü  Coronarovirus

ü  Middle East respiratory syndrome Coronavirus (MERS)

 

Geny antimikrobiální rezistence

Methicillin rezistence - mecA/C and MREJ

karbapenemázy (KPC)

ü  New Delhi metalobelaktamáza (NDM)

ü  KPC

ü  Oxa48-like

ü  VIM

ü  IMP

                                  ESBL

ü  CTX-M

 

 

Respirační panel

 

Odběr: z nosohltanu

Adjustace: odběrová souprava E-Swab kat.č. 1622 – (modrý), odběrová souprava na SARS-CoV-2

Uchovávání: při laboratorní teplotě

Transport: neprodleně, nejdéle do 24 hod

 

Z jednoho vzorku je detekováno:

 

Viry

ü  Adenovirus

ü  Koronavirus HKU1

ü  Koronavirus NL63

ü  Koronavirus 229E

ü  KoronavirusOC43

ü  Middle East respiratory syndrome Coronavirus (MERS)

ü  Lidský metapneumovirus

ü  Lidský rhinovirus/enterovirus

ü  Influenza A

ü  Influenza A/H1

ü  Influenza A/H3

ü  Influenza A/H1-2009

ü  Influenza B

ü  Virus paraninfluenzy 1

ü  Virus paranifluenzy 2

ü  Virus parainfluenzy 3

ü  Virus parainfluenzy 4

ü  Respirační syncytiální virus

ü  Severe acute respiratory syndrome Coronavirus (SARS – CoV-2)

 

Bakterie

ü  Bordetella pertusis

ü  Bordetella parapertussis

ü  Chlamydia pneumonieae

ü  Mycoplazma pneumoniae

ü   

 

 

ME panel (meningitidis/encephalitis)

 

Odběr: likvor

Adjustace: sterilní zkumavka, minimální množství 0,5 ml

Uchovávání: při laboratorní teplotě

Transport: neprodleně, v chladu 2 – 8 ºC lze uchovat 7 dní

 

Z jednoho vzorku je detekováno:

 

Bakterie

ü  Escherichia coli K1

ü  Haemophilus influenzae

ü  Listeria monocytogenes

ü  Neisseria meningitidis

ü  Streptococcus agalactiae

ü  Streptococcus pneumoniae

 

Viry

ü  Cytomegalovirus (CMV)

ü  Enterovirus

ü  Herpes simplex virus 1 (HSV-1)

ü  Herpes simplex virus 2 (HSV-2)

ü  Human herpesvirus 6 (HHV-6)

ü  Human parechovirus

ü  Varicella zoster virus (VZV)

 

Kvasinky

ü  Cryptococcus neoformans/gatii

 

 

 

Gastrointestinal panel

 

Odběr: výtěr z rekta

             Pozn: nedoporučuje se stolice – nelze zachytit Vibrio – ev. domluva s OLM

Adjustace: speciální odběrová souprava E-Swab kat.č. 1622 – (modrý), resp. zkumavka

Uchovávání: při laboratorní teplotě

Transport: neprodleně, nejdéle do 24 hod, v chladu 2 – 8 ºC lze uchovat 4 dny

 

Z jednoho vzorku je detekováno:

 

Bakterie

ü  Campylobacter (jejuni, coli, upsaliensis)

ü  Clostridium difficile (toxin A/B)

ü  Plesiomonas shigelloides

ü  Salmonella

ü  Yersinia enterocolitica

ü  Vibrio (parahaemolyticus, vulnificus, cholerae)

           Vibrio cholerae

ü  Diarrheagenic E.coli/Shigella

           Enteroaggregative E.coli (EAEC) 

                                        Enteropathogenic E.coli (EPEC)

                                                Enterotoxigenic E.coli (ETEC)

                                                Shiga-like toxin producing E.coli (STEC)

                                                         E.coli O 157

                                                Shigella/Enteroinvasive E.coli (EIEC)

 

Paraziti

ü  Cryptosporidium

ü  Cyclospora cayetanensis

ü  Entamoeba histolytica

ü  Giardia lamblia

 

Viry

ü  Adenovirus F 40/41

ü  Astrovirus

ü  Norovirus

ü  Rotavirus A

ü  Sapovirus (I, II, IV, V)